Так как ветеринары говорят по разному. Делали вакцину самую первую 1 апреля, вторую делают через 3и недели потом нужно каждый год ставить. Вопрос как правильно отсчитывать год от первой вакцины или та что ставилась через 3и недели?

На сколько я знаю главное не просрочить, можно немного заранее поставить, например за месяц до истощения предыдущей вакцины.

Отсчитывайте от последней, точнее той, которая будет идти с бешенством. Лучше делать за пару дней до окончания срока, можно чуть больше, например за неделю или ранее, чтоб быть уверенными, что ничего не просрочите.