Я открыла ИП в Грузии в декабре. А в январе вывела на счёт средства, которые поступили мне на deel в январе и в декабре. Будет ли проблема из-за того, что в deel часть денег пришла раньше, чем январь?

Все зависит от начала действия у Вас Малого статуса. Но по факту, если Вы не выводите платежи сразу на бизнес-счёт после их получения на Дил, декларировать необходимо по датам получения на Дил. Можете вообще не выводить на грузинские счета, это Ваше право. Соответственно, если платежи были получены до начала действия Малого статуса, они попадают под общую систему налогообложения и должны декларироваться по годовым декларациям под 20%.