Пытаюсь разобраться в ситуации с проходом таможенного контроля ! Вдруг кто-то летал уже по такому маршруту . Москва -Турция -Германия .

По прилёту в Турцию показываете МД !

Вы не единственная с двумя паспортами по миру ездите. главное правило - с каким паспортом въехали в страну - с тем и выезжаете. нельзя въехать в турцию по РФ паспорту, а улететь по РМ. Ни у кого не возникает вопросов «как вы там оказались», потому что понимают, что есть ещё гражданства.

То что он чистый , ничего страшного. Если попросят — покажите росииский . Его просто пролистают , ничего не будут ставить )

Если вы не будете выходить из транзитной зоны в Турции, то турецкие пограничники вообще ничего смотреть и ставить не будут. Билеты турция-германия должны быть на молдавский паспорт (особенно если фамилии пишутся по-разному). Представители авиакомпании проверяют есть ли у вас основания для въезда перед посадкой. У немецких пограничников вся ваша прошлая история поездок и другие паспорта кроме МД значения не имеют если только не было каких депортаций.

Наличие двух гражданств - не нарушение, поэтому не о чем волноваться. Попросят немцы РФ паспорт, покажите. Только притворяться не надо, типа, ничего другого нет.

Если часто ездите или планируете, в Турции на въезде и выезде для штампов целесообразно показывать РФ для экономии места в MD. На стойке регистрации в Турции если необходимо покажете MD, чтобы не спрашивали визу. Для билетов непринципиально какой. Тот, где у Вас есть аккаунты у а/к, например. В Германии MD.