Подскажите, имеет смысл брать JR Pass на 7 дней при следующем маршруте: Токио 4 дня - Кавагучико 1 день - Киото 3 дня - Осака 1 день? Улетаем также из Осаки, но там уже 7 дней проездного закончатся на последнем дне.

100% нет) по указанному пути межгородами у вас ну самый край выйдет 20тыс йен, проездной стоит 50тыс йен 30 тыс йен за 4 дня в Токио нереально откатать)

Все можно просчитать самому и наглядно. не выгодно и это правда по такому маршруту.