Подскажите правильно ли я понимаю что если живу с РВП в Казахстане уже больше чем полгода в Казахстане даже если РВП ещё будет работать при выезде из

Нет. Выехать нужно до окончания РВП, заехать после окончания, тогда будет 90 дней. Если увольняетесь досрочно, то для обновления сроков необходимо аннулировать РВП в миграционной и получить сокращённый РВП на 15 дней, выехать по нему и заехать после его окончания. Все остальные поездки при действующем РВП, это просто пересечения границы, они никак не учитываются.