Подскажите пожалуйста, я ж могу в РФ по российскому внутреннему паспорту слетать из Киргизии, если сюда прилетала по загранпаспорту?

Сможете я так делаю.

Местную границу лучше пересечь по заграну, а границу РФ — по какому хотите. правило здравого смысла — «выезжайте по тому же, по какому въехали».

Формально надо выезжать по тому же документу по которому въезжали.

Вылетите по заграну, в РФ въедете по внутреннему.

Выехать необходимо исключительно по тому документу, по которому въехали.