Подскажите, пожалуйста, может ли гражданин рф после 29 дней в Казахстане без уведомления, выехать в Кыргызстан и снова заехать в Казахстан на несколько дней?

Из любых 180 дней подряд гражданин РФ может быть в КЗ не более 90 дней (режим "турист"). У вас еще 60 на осмотр достопримечательностей останется. Уведомления должен был делать собственник жилья, а не вы, штраф за неуведомление тоже на нем. Если вы, к примеру, жили все это время в палатке, то у вас в приципе не могло быть уведомления.