Подал декларацию неправильно - с суммой за декабрь, и она больше, чем за январь, и уже оплатил налог. переподал декларацию с корректной суммой.

Все пересчитаете автоматически, в том числе, с учетом пени, если она положена и будет начислена. Сумма к погашению с учетом уже оплаченной и засчитанной, появится во вкладках по проверке налогового долга.