Какие плюсы будут если я на границе РФ покажу внутренний паспорт и на границе с Казахстаном тоже внутренний, но при себе буду иметь загран паспорт.

Не вижу никакого смысла прятать загран от казахских пограничников. При сколько-нибудь длительном пребывании в РК только гарантированно заимеете от этого себе проблем.

Сможете сделать карту при въезде по внутреннему. Но нужно иметь загран и уведомление о проживании. Вряд ли есть плюсы от въезда по внутреннему. Это что-то из разряда страха перед биометрией, использования кнопочных телефонов и наличных. Т. е. только такой плюс - игра в секретность.