Подскажите, если не делать временную регистрацию в Казахстане на 10 дней, будут потом проблемы с пограничниками на поезде, когда поеду обратно в Россию.

Временная регистрация только для граждан РК и лиц с ВНЖ. Для граждан РФ только уведомление о прибытии. Если даже его нет никаких проблем при выезде не будет. Проблемы могут возникнуть лишь в случае превышения 90-дневного срока нахождения в РК в течение последних 180 дней.

Вы имеете ввиду уведомление. Егоиделает принимающая сторона. Для вас никаких санкций.