Может кто подскажет, если приобретать jr pass уже на месте, в Японии, действительно ли он будет стоить дороже, или это всё слова агентств, которым тоже надо денежку зарабатывать?

На месте дороже. А раньше вообще нельзя было приобрести - так как это туристический проездной)

Можно, его можно забрать в клиентском отделении на вокзале в Токио например. а покупать все равно на сайте.

Почему не хотите открыть официальный сайт JR и прочесть там информацию из первых рук? Если покупать в Японии будет дороже. Сильно причем.