Если при брони отеля пишет, что оплата по факту приезда, то будет ли неоплаченная бронь считаться при получении визы? Или нужна именно полностью оплаченная?

Если у вас нет иностранной карты, то не будет, хоть они и пишут что для получения визы оплаченные отели не нужны.

У нас бронь отелей приняли только с чеками об их оплате. Неделю назад в Мск визу получали.

Если вам этот отель принципиально, то для визы найдите любой с бесплатной отменой например на островке, с ним получите визу, отмените и езжайте в ваш.