Подскажите, пожалуйста моему загранпаспорту меньше 3 месяцев, но подавать заявление на визу в Японию уже можно? и за сколько дней до поездки лучше забронировать отель?

Самое главное чтобы загранка была действительна еще в течении 2х недель после поезки. вроде как.

Если новый загран это не имеет значение, хоть сразу после получения подавайте.