Мы летим в Токио и хотим посетить Киото, Осака, Нару. Как лучше построить маршрут, на чем выгоднее откуда-куда? Обратный вылет из Токио. Спасибо заранее.

На поездах. И скорее всего при таких маршрутах вам выгодно брать jrpass, который включает экспресс из аэропорта Токио. Сравните цену проездного и посчитайте отдельно ваши перемещения.

Нынешние JR pass могут не окупить поездку в указанных городах. нужно добавлять еще дальше поездки. другие пассы не соединяют Кансай (Киото, Осака, Нара) и Токио. Так что в Токио можете взять локальный проездной, по типу метро + экспресс с аэропорта, а для Кансай региона отдельный. Например JR Kansai или Kansai thru pass Посчитать стоимость передвижений через navitime и сравните с ценой проездных.

А по поводу маршрутов... Смотря сколько часов в день вам удобно ездить. Лично я сначала жила в Киото (Осака лично не очень;)), оттуда ездила в нару и близлежащие, потом переехала в Токио и уже оттуда, то что ближе к Токио. Лично я вам ещё советую Камакуру... И конечно Хиросима , но это по вашему настроению)