Подскажите кто знает. Россиянин. имею Финский рабочий ВНЖ. Через Эстонию пропустят?

Да.

Да, 27 декабря приехала в Питер и вчера приехала с Питера в Таллин, сеголня выезжаю на Каяни. На автобусе.

Если у вас постоянный вид на жительства, вы резидент Финляндии, нет прописки в РФ, то берите в консульстве справку, что стоите на постоянном консульском учёте и въедете в РФ на машине.