Подскажите, в чём разница между пони-визой Японии и агентствами которые помогают визу оформить?

Пони не проверяют и не консультируют. Они только доставляют. списывалась с ними по почте, они отправили документы, которые надо заполнить, помимо тех, что для визы нужны и объяснили порядок подачи через них. Рекомендую тоже написать им заранее, т. к надо предварительно согласовывать дату передачи документов им в офисе.

Проверяют в офисе в Москве, когда из регионов получают, и консультирует тоже по почте Московский офис. Можно документы на почту отправить перед подачей в региональный офис, если переживаете.