На digital nomad в Португалии порог 3400 дохода, это должно получиться после вычета налогов? Если считать, что налог в Португалии получается около 35%, контракт должен быть не менее 5300?

Да гросс вроде бы, так-то заранее посчитать вашу эффективную ставку налога задача сложная, мало ли какой состав семьи, какие вычеты. Упд: поискал, это получается немного некорректно так считать. Вам при подаче надо доказать что вы по факту получаете столько денег. Португальская ставка получается не при чем. А вот влияет ли ставка в стране текущего резиденства я ответить не могу. На DN многие же self employed и налоги уплачивают сами, не знаю вычитают ли эти налоги из суммы. Так если подумать то тоже наверное нет: при переезде в подавляющем большинстве стран мира вы потеряете резиденство и платить этот налог больше не нужно будет, следовательно на ваш доход в Португалии он не будет влиять.