Лечу в Европу через Ереван, в Армению лечу по РФ паспорту, а дальше по заграничному с визой, имеет ли значение, что не будет штампа о пересечении границы Россия-Армения?

Лучше везде по заграну.

Лучше по загранпаспорту, конечно, но это не настолько «супер важно». Когда Вам скажут, мол, а как Вы в Ереван попали? Скажите, что прилетели по внутреннему паспорту РФ, заранее подготовьте его и предоставьте на пересечении границы. Они просто на всякий могут перепроверить Ваши слова, уточнив еще и дату прилета, пробьют по базам и спокойно отпустят дальше.