Подскажите. Купили билет на синкасен токио-киото. В нем написано что отходит из tokyo (ward area). Это ведь tokyo station?

Да. В разные места ездили, все с центрального вокзака.

Это значит, что по билету можно войти на любой станции JR городской части Токио. Доехать до синкансена. Ну а потом уже на синкансен.