Пускают ли в Таллин с Израильским паспортом, если затем улетаем в Париж?

Пропускают, но нужны док-ты подтверждающие ( в вашем случае билеты), страховку могут спросить.

Билеты, бронирования отелей, деньги (могут поверить) медстраховка, действующая в шенгене.