Подскажите, пожалуйста, после въезда в Эстонии можно находиться 24 часа до транзита в страну следования, а если у меня 35 часов получается, то не пустят?

Там, по-моему не важно. Если вы об этом не скажете

Могут спросить бронь отеля или другого места на это время.

Время для транзита не ограничено (это финны в своё время требовали незамедлительный, и то не для всех). Нужно иметь бронь отеля (или где ночевать будете) и билеты по маршруту да выезда из Эстонии. Если едете по визе Д - страховка. Деньги из расчета 70 евро/сутки при наличии брони отеля