Я каким-то образом подал в начале июля декларацию за май ( ненулевую) , при том, что я уже подавал декларацию за май в июне.

Подать правильные декларации за нужные месяцы - они перетрут все предыдущие. У вас неправильная декларация за май и нет за июнь, как я поняла то есть вам нужно подать 2 штуки, ток месяцы не перепутайте.

Переподать правильные декларации, за май и за июнь. Они заменят предыдущие. Проверить, чтобы минус не обращался в ЛК и, если надо, доплатить.