Подскажите, пожалуйста, если я работаю на грузинскую компанию как ИП, нужно ли мне платить НДС сразу, или это становится необходимым только если мой доход превышает 100 000 лари в год?

Вы, как ИП, не можете работать НА грузинскую компанию. Вы можете иметь клиентов и сотрудничать с компанией, иначе Ваша деятельность может трактоваться, как трудовая со всеми вытекающими последствиями. Обязанность оплаты НДС при этом наступает спустя 100 к лари/12 мес на услуги, местом оказания которых для целей НДС является Грузия.