Подскажите пожалуйста, если получала деньги не от компании, а от сестры на карту, нужно ли с этой суммы уплачивать налог по ИП в Грузии?

Нет, декларируете только доход от ИП, если у вас один счет на личные приходы и бизнес, то ведите учет, что от кого пришло и почему вы не все декларируете.