Подскажите, пожалуйста, нахожусь в Кыргызстане уже 25 дней, если пересеку границу, то без проблем смогу потом в течение следующих 30 разрешённых дней временную регистрацию сделать?

Даётся 30 дней чтобы получить регистрацию, так что вы ничего не нарушили. Но если опять не будете регистрироваться, то дни без регистрации будут складывать и если наберётся 90, то потом не сможете въехать какое-то время, не помню точно сколько, по-моему 180.