Статус малого бизнеса присвоен 28/07. - первые деньги на счет ИП пришли в сентябре (

Малый бизнес начинает действовать со следующего месяца. Если присвоен статус в августе, начинает действовать с сентября, первая декларация в октябре.

Точно в июле получили малый бизнес? Если да, то в сентябре за август нужно подать нулевую декларацию, в октябре за доход сентября.

Если статус у Вас действительно был присвоен в июле, то он начал действовать в августе, сейчас уже можно подавать декларацию. Проверьте, все ли у Вас настроено в инфокарте и подключена ли двухфакторная аутентификация. Также во вкладке Application скачайте Сертификат малого статуса и посмотрите дату его присвоения.