Скажите пожалуйста, какую сумму подавать в налоговую декларацию ип в Грузии - сумму договора или по факту? Договор был на одну сумму с оплатой через PayPal. При этом пайпал скушал свою комиссию 5% и по факту мне пришла другая сумма.

Если в договоре прописано, что все комиссии ложатся на Вас, то по инвойсу. Если нет, то по выписке со счета. В PayPal, кстати, в выписке, скорее всего, у Вас будет полная сумма, без учета комисии, тогда она не будет отлдичаться от суммы по договору/инвойсу. Деклараировать тогда, в любом случае, нужно ее.