Подскажите по Canadian Experience Class.

Не будет оно вычитаться. Вы же не уволились, а поехали в командировку, и страну проживания не меняли. По этой же логике не вычитается и отпуск, даже если его провести за границей - вы же вернетесь обратно в Канаду, и выйдете, как ни в чем ни бывало, на ту же работу.

Даже если бы вы не работали в это время, это было бы нестрашно.