Если при оформлении бумаги на оплату пошлины визы Испании 790-012 я указала IBAN испанского банка, а в самом банке оплачу пошлину другой картой, это будет странно?

Посмотрите пожалуйста повнимательнее свою форму. Там или оплата в банке, или через счёт. Не хочу вводить вас в заблуждение, но возможно вы допустили ошибку при заполнении формы.