Приехали в Токио на синкансене, на tokio station на переходе к Jr lines метро прошли турникет по билету синкансен. Сразу оказались у поездов, получается, что карту икока не прикладывали на вход. Как быть?

Можете на стойке информации уточнить. Там вроде надо при другой поездке приложить и карточку и билет засунуть. Но лучше на стойке уточните)

Я подошел к человеку у турникетов к служащему и они мне провели переход.

На стойке информации, только грамотно объясните что вам нужно и проверьте, чтобы не списали с икоки за поездку ещё раз, если не так поймет, то может вручную списание забить.

Выйти совсем (за турникеты jr) по синкансеному билету и зайти по икоке. Либо через сотрудника. Ах да. Если вам в Токио недалеко, то по синкансенному билету без доплаты будет.