Могут ли налоги по ип оплачиваться физически через терминал или только с карты?

Посмотрите в терминалах раздел Платежи в бюджет или что-то похожее.

Да, могут.

Банковским переводом. В теории вы можете в кассе банка такой сделать, наверное, в том числе используя наличные. Надо лишь номер счета принести будет.