Подскажите, пожалуйста Мой муж в Канаде с ворк пермитом, я по состоянию здоровья прохожу лечение и не могу приехать в Канаду

Да, конечно. Не имеет значения, где вы находитесь, просто в конце уже процедура получения копра/ПР будет разная - муж будет лендиться онлайн, а вы будете вклеивать визу в паспорт (если у страны вашего гражданства визовый режим с Канадой), получать бумажный CoPR, и лендиться на границе при въезде в Канаду.