Подскажите пожалуйста для ввоза юрты в Россию, какой счёт надо открыть для госпошлины? Какие ещё есть подводные камни?

Да вроде бы никакого. Вы платите пошлины и сборы на счёта таможни по данным реквизитам счётов таможни в казначействе. Для полной консультации есть ФТС и таможенные брокеры. Если Вы ничего не понимаете, советую найти такого.