Кто-то оплачивал жильё в Японии на букинг картой третьих лиц? Не будет ли проблем при оформлении визы?

Никаких проблем не было.

Никаких проблем. Самое главное это Ваше имя в бронировании.

В подтверждении оплаты не указывается подробная платежная информация. Так что консульство никак не узнает кто там по факту платил.

Не будет, оплачивала - им всп равно.