Скажите пожалуйста, в визе Германии , оформленной в России, указывается номер авиарейса?

Нет, там даже поля предусмотренного для этого нет. Есть поле примечание - ну там указывается цель поездки и могут вписать какой-либо коммент, например (туризм, с контролем возврата) или например, трудовая деятельность и комменты по ней. Смысл указывать номер авиарейса, а вдруг авиакомпания в одностороннем порядке его изменит. В визе указываются только те данные, к которым Дим представительство имеет самое прямое отношение и несёт за эти внесенные данные ответственность.