Если в кабинете rs показывает что есть задолженность, при том что считал, подавал и платил все правильно то как и где узнать за что именно начислена эта задолженность?

Можно уточнить в онлайн-чате в ЛК налоговой, в рабочее время, на грузинском. Рядом открываете онлайн-переводчик и пишете.

Если просто не были зачислены какие-то Ваши оплаты, подать заявление на зачисление.

Похоже у вас не засчитало налог, надо писать заявку, подкрепив чеком, чтобы зачислили. На будущее, лучше в интернет-банкинге через компьютер выбирать платёж налогов за другого(там можно указать номер, который вам дала налоговая) - так деньги за уплату налогов зачисляются лучше.