Подскажите, пож-та, выставляла в феврале первую ресибу и вместо VAT номера в поле плательщика NIF/Outro documento de identificação указала TIC номер, компания Кипр, буду платить ндс.

Нее, всё правильно. TIC/NIF/ИНН там нужно писать. VAT-номер в ресибе не пишется.

выписывается новая ресиба и пишется запрос отменить старую ресибу и заменить её на новую.

Если ваш плательщик - физлицо, вы пишете NIF ( ИНН или др. налоговый идентификатор). Если это юрлицо, то пишете NIPS (VAT и пр.)