Пишут, что в течение 3 месяцев, то есть можно до 3 месяцев пребывания в Португалии подать на резидентство? Например после 2,5 месяца? Спасибо заранее

На сколько мне известно, да. «В течении 3 месяцев» значит что у вас есть временное окно в 90 дней, можете на второй день заниматься подобными делами, можете на 89, ложкой по лбу никто не даст. Но в любом случае откладывать на потом не стоит. Сделал дело, гуляй смело, так сказать.