Если подаю маршрутный лист, где указан маршрут Москва -Стамбул- Париж , а в итоге прилетаю по маршруту Москва -Ереван-Лион, будут ли проблемы? Гостиницу могу забронировать в обоих городах.

А зачем тогда в маршрутном листе писать Стамбул - Париж? Пишите как есть. Если потом едете в Париж, напишите поезд и дальше отели в Париже. И если у Вас уже есть билеты, зачем маршрутный лист? Приложите билеты.

на границе никогда не спросят маршрутный лист.