Нужно ли мне платить 20% налога, если в договоре на услуги указаны даты с сентября по декабрь, и оплата поступила в декабре, и статус малого бизнеса как раз был получен в сентябре? или тут все ок и проходит под 1%?

Налоги по малому бизнесу декларируются и оплачиваются по дате поступления дохода. Соответственно, если Малый бизнес начал действовать с октября, то все доходы, начиная с октября, подлежать декларированию уже по малому статусу в ежемесячных декларациях под 1%.