Открыл счёт а USD, но при попытке указать его в налоговой получаю сообщение, что счёт не в национальной валюте. Отсюда вопрос, обязательно ли иметь счет в национальной валюте для ИП?

Оплата налогов только в лари.

Только для оплаты налогов, это может быть и мультивалютный счёт с основной валютой лари, к которому привязан в банке ваш ID. Но привязка счета в ЛК обязательна только для плательщиков НДС.