У кого есть бизнес в Грузии, скажите, если на сайте оплата криптовалютой есть, может грузинское ИП с таким работать?

Это не запрещено законодательством Грузии, но четких регулировок по данному вопросу тоже нет. Соответственно, для декларирования доходов необходим вывод в фиат и вся цепочка документов, подтверждающая легальность и официальность вашей деятельности и соответствие ее заявленной.