Подскажите, в Армению можно въехать по одному загранпаспорту, а выехать по другому (именно там виза конечной страны)?

Выезжать и въезжать вы должны по одному паспорту. В системе фиксируется ваш прилет и вылет. А вот влететь в новую страну вы уже можете по любому))) Они не будут смотреть на вашу визу на вылете. Можете показать, что виза у вас есть на регистрации перед вылетом.