Подскажите, вы когда ехали в Японию, в каком формате брали с собой деньги (на карте, всё в долларах или в евро? И если это наличка, то где выгодно меняли?

Берите наличку. В Токио карты довольно широко принимают (хотя и не везде), но чем меньше городок, тем больше вероятность, что только наличными можно платить.