Мартовскую декларацию просрочил по ИП в Грузии, подал ее 16 апреля. Апрельскую подал вовремя.

Перво наперво проверьте, что декларации поданы за нужные периоды, часто путают дату подачи и период, это разные вещи, положительный баланс сам по себе без акта сверки мало что говорит.

Если Вы хотите подать новую за какой-то период правильную декларацию, то старую удалять не нужно. Новая автоматически затрёт старую. Может быть штраф и пеня. Их Вы увидите в своём кабинете при проверке налогового долга.