У меня есть на руках все свидетельства о рождении бабушки и дедушки (евреев) но нет свидетельства отца, по чьей линии дедушка и бабушка, давать отказывается, без вариантов, бесполезно ехать к консулу на проверку на репатриацию в израиль?

Не то, чтобы бесполезно, но высокий риск, что отправят за этим документом, потому что его отсутствие выглядит довольно странно. Наверное отец не хочет его отдавать, да?

Пусть возьмет повторку и расширенную справку к ней. Плюс сделайте копию оригинала в цвете для консула.