А в Подгорице пошлина платится до посещения окна, либо после принятия доков + доносим справки?

Можно до, можно после. Я платил после того, как документы проверили, там сотрудники сами говорят на кассу какие пошлины надо оплатить.

В целом если есть сомнения в доках, можно не платить сразу - в окне проверят и скажут, можно ли платить или им не хватает чего-то еще.