Можно вылететь одним, а прилететь другим паспортом в Армению?

Нет. Если в паспорте не будет штампа о выезде из страны, то возникнут проблемы.

Можно Главное следить за датами в штампах или миграционных картах и не нарушать визовый режим/сроки Въезжать и выезжать из страны лучше по одному и тому же паспорту А выехать и въехать конечно можно по разным.