Подскажите пожалуйста билеты хотим купить через Сеул до Астаны из Токио но будут в зоне трансфера в Сеуле на счет багажа как быть не могу понять?

Если летите одной авиакомпанией, то багаж получите в конечном пункте прилёта, то есть в Токио. Если же будете делать пересадку с одного аэропорта на другой или лететь разными компаниями, то нужно будет проходить паспортный контроль, получить багаж, опять зарегистрироваться, сдать бкгаж.