Обязательно ли в течение трёх дней подавать уведомление о моем приезде в Казахстане, можно ли быть 28 дней и выехать в Россию, а через три дня обратно заехать по загранпаспорту?

Да. Уведомление должен делать собственник жилья, если не хотите тут на долго оставаться то не нужно.

Такая обязанность у собственника жилья, не у вас. И ответственность соответственно у собственника, не у вас. Да, можете. Только заедете уже не на 90 дней, а 90 минус 28.